南京农业大学经济管理学院的前身是金陵大学农经系和中央大学农经系。
1921年金陵大学农学院首创农业经济组。
1925年金陵大学农学院成立农业经济学系。首任系主任卜凯(John Lossing Buck)教授。
1929年中央大学农学院曾设立农政科。
1936年金陵大学农业经济学部招收二年制研究生。
1939年中央大学农学院于农艺系内设农业经济组。
1942年农业经济组扩建为农业经济学系。以后两系都有较大发展,尤其是金大农经系在国内外具有很高知名度。
1949年新中国成立后,中央大学改名南京大学。
1952年进行院系调整,南京大学农学院与金陵大学农学院合并,成立南京农学院,农经系为其下设的主要系科之一。
1954年南京农学院农经系开始招收四年制本科生。
“文革”期间,农经系深受其害,本科教学被迫停止,举办过一些短训班和“社来社去”班。
1977年恢复招收四年制本科生。
1980年农业经济学科恢复招收硕士研究生,并开始招收农经干部专修生。
1985年农业经济学科首次招收博士研究生。增设了农村金融专业、农业对外贸易专业和国际农业专门化专业。
1986年经农业部批准成立农业经济研究所。
1989年农业经济与贸易学院成立。农业经济管理学科被批准为国家重点学科。
1994年更名为经济与贸易学院。
1998年设立农业经济管理专业博士后流动站。
2000年农林经济管理学科获一级学科博士学位授予权。
2001年农业经济管理博士学科点经重新评审,再次被评为国家级重点学科。
2003年在农林经济管理一级学科中,设立农村金融、农村发展两个博士点, 2004年开始招生。
2004年,更名为经济管理学院。国际食品与农业经济研究中心成立。
经过几代人的共同努力,特别是在“211工程”建设的推动下,目前学院已具有博士后流动站1个,博士学位一级授权点1个、博士学位二级授权点3个,7个硕士点、7个本科专业的多层次、多规格人才培养体系。不仅造就了一批在全国具有重要影响的学术带头人,在教学与科研工作中取得了一系列瞩目的成果,而且在国际上也产生了一定的影响,享有一定的声誉,已成为我国重要的农业经济人才培养和科学研究基地。